主題展示區：分為四個單元，「就是這片土地-淡水河流域的生態與地理」、「故事 從他們開始-早期人類的活動」、「拓殖者的新樂園-異文化的登陸」、與「聚落的生命軌 跡-聚落發展實例」。展示內容除了橫向在空間上探討淡水河流域的生態、地理、與地質變 遷，同時以時間為縱深，貫穿淡水河流域的考古學、人類學、與歷史學的相關主題並加以呈現。

　　虛擬實境：有別於「主題展示區」概念性的平面展示方式，「虛擬實境展示區」將建築的概念加入，模擬出三度(3-D)的立體展示空間，讓觀眾在與資料互動的過程中認識與了解淡水河流域的地理與人文發展。

　　資料搜尋區：由數個不同種類的資料庫，如古文書（淡新檔案、伊能文庫、岸裡大社文書、人類學系所藏古文書）資料庫、相片資料庫、地圖資料庫、器物資料庫、書目資料庫、手繪圖資料庫等組成，收錄台灣大學所藏與淡水河流域相關的資料，並提供檢索功能，讓學者、研究者及民眾可查尋所需資料。

　　教學互動區：主要提供中小學課程之教材及教學使用，希望藉由教學資源的提供及開放式的討論區與觀眾產生互動，以發揮博物館的教育功能。本區內容包含四部份：

1. 教學資源──提供台大圖書館、中央研究院及北市圖等典藏之圖書與視聽資料目錄，以及網路資源供教師教學參考。同時亦提供教學活動設計方案，供教師參考使用。

2. 意見交流──為開放的討論區域，以留言板方式，提供教師、一般觀眾、研究學者、博物館規畫者、系統維護者都可以在這個區域針對不同的主題交換意見與心得。

3. 奇奇探險記──以淺顯的文字和說故事的方式來解說淡水河的形成與歷史，讓中小學學生能從故事中了解淡水河。

4. 互動遊戲──提供拼圖之互動式遊戲，以達到寓教於樂的目的。

　　「淡水河溯源」計畫下分三個子計畫，第一子計畫負責古文書、照片、地圖等資料的掃瞄及metadata著錄等數位化工作，以及書目資料的整理；同時亦負責教學互動區內容的規劃與製作。第二子計畫負責主題展示區之美工設計、主題展示單元內容之腳本撰寫、編輯與呈現。第三子計畫負責虛擬實境技術之開發與設計，以及資料庫搜尋功能的設計與製作。